Para el desempeño de sus cometidos la CNSST funciona en Pleno, en Comisión Permanente y en Grupos de Trabajo conforme a la normativa que establece su Reglamento de Funcionamiento Interno.

Los acuerdos se adoptan por mayoría, disponiendo cada representante de las Administraciones Públicas (Administración General del Estado y Comunidades Autónomas) de un voto y de dos votos los de las Organizaciones Empresariales y Sindicales. De ello, se desprende que la CNSST, es un órgano cuatripartito por su composición, pero tripartito por su funcionamiento.

De esta manera, la Comisión Nacional de Seguridad y Salud en el Trabajo aglutina en su seno a todos los agentes del Estado español responsables e implicados en la mejora de las condiciones de trabajo y de la calidad de vida laboral y se configura como un instrumento privilegiado de participación en la formulación y desarrollo de la política en materia de prevención.